(七)改革公立醫院管理體制。
明確各級政府舉辦公立醫院的職責。中央和省級人民政府負責舉辦承擔疑難危重病癥診治、醫學科研和教學綜合功能的國家級或省級醫學中心；縣(市、區)級人民政府主要負責舉辦縣級公立醫院；其他公立醫院均由設區的市級人民政府負責舉辦。
積極探索管辦分開的有效形式。按照醫療服務監管職能與醫療機構舉辦職能分開的原則，推進政府衛生及其他部門、國有企事業單位所屬醫院的屬地化管理，逐步實現公立醫院統一管理。有條件的地區可以設立專門的機構，負責公立醫院的資產管理、財務監管和醫院主要負責人的聘任，建立協調、統一、高效的公立醫院管理體制。政府有關部門按照職責，制訂并落實按規劃設置的公立醫院發展建設、人員編制、政府投入、醫藥價格、收入分配等政策措施，為公立醫院履行公共服務職能提供保障條件。衛生、教育等行政部門要積極研究探索高校附屬醫院管理體制改革。
(八)改革公立醫院法人治理機制。
明確政府辦醫主體，科學界定所有者和管理者責權；探索建立以理事會等為核心的多種形式的公立醫院法人治理結構，明確在重大事項方面的職責，形成決策、執行、監督相互制衡的權力運行機制。落實公立醫院獨立法人地位，強化具體經營管理職能和責任，增強公立醫院的生機活力。
制定公立醫院院長任職資格、選拔任用等方面的管理制度，推進職業化、專業化建設。建立以公益性為核心的公立醫院績效考核管理制度，探索建立醫院院長激勵約束機制。
(九)改革公立醫院內部運行機制。
完善醫院內部決策執行機制。完善院長負責制。按照法人治理結構的規定履行管理職責，重大決策、重要干部任免、重大項目投資、大額資金使用等事項須經醫院領導班子集體討論并按管理權限和規定程序報批、執行。實施院務公開，推進民主管理。完善醫院組織結構、規章制度和崗位職責，推進醫院管理的制度化、規范化和現代化。
完善醫院財務會計管理制度。嚴格預算管理和收支管理，加強成本核算與控制。積極推進醫院財務制度和會計制度改革，嚴格財務集中統一管理，加強資產管理，建立健全內部控制，實施內部和外部審計制度。在大型公立醫院探索實行總會計師制度。
深化公立醫院人事制度改革，完善分配激勵機制。科學合理核定公立醫院人員編制。建立健全以聘用制度和崗位管理制度為主要內容的人事管理制度。以專業技術能力、工作業績和醫德醫風為主要評價標準，完善衛生專業技術人員職稱評定制度。合理確定醫務人員待遇水平，完善人員績效考核制度，實行崗位績效工資制度，體現醫務人員的工作特點，充分調動醫務人員的積極性。探索實行并規范注冊醫師多地點執業的方式，引導醫務人員合理流動。
(十)改革公立醫院補償機制。
推進醫藥分開，改革以藥補醫機制，逐步將公立醫院補償由服務收費、藥品加成收入和政府補助三個渠道改為服務收費和政府補助兩個渠道。服務收費和政府補助由各地根據國家有關規定，考慮醫院功能定位、醫療保障基金承受能力、本地財政能力、城鄉居民收入水平和對價格調整的承受能力等因素合理確定。
合理調整醫藥價格，逐步取消藥品加成政策。在成本核算的基礎上，合理確定醫療技術服務價格，降低藥品和大型醫用設備檢查治療價格，加強醫用耗材的價格管理。逐步取消藥品加成政策，對公立醫院由此而減少的合理收入，采取增設藥事服務費、調整部分技術服務收費標準等措施，通過醫療保障基金支付和增加政府投入等途徑予以補償。藥事服務費原則上按照藥事服務成本，并綜合考慮社會承受能力等因素合理確定，納入基本醫療保障報銷范圍。也可以對醫院銷售藥品開展差別加價試點，引導醫院合理用藥。
完善醫療保障支付制度改革。完善基本醫療保障費用支付方式，積極探索實行按病種付費、按人頭付費、總額預付等方式，及時足額支付符合醫療保障政策和協議規定的費用；落實醫療救助、公益慈善事業的項目管理和支付制度；完善補充保險、商業健康保險和道路交通保險支付方式，有效減輕群眾醫藥費用負擔。在加強政府指導，合理確定醫療服務指導價格，合理控制醫院醫藥總費用、次均費用的前提下，探索由醫院(醫院代表)和醫療保險經辦機構談判確定服務范圍、支付方式、支付標準和服務質量要求。
加大政府投入。政府負責公立醫院基本建設和大型設備購置、重點學科發展、符合國家規定的離退休人員費用和政策性虧損補貼等，對公立醫院承擔的公共衛生任務給予專項補助，保障政府指定的緊急救治、救災、援外、支農、支邊和支援社區等公共服務經費，對中醫醫院(民族醫醫院)、傳染病醫院、職業病防治院、精神病醫院、婦產醫院和兒童醫院等在投入政策上予以傾斜。
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