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工程建設任務合理調整
天保工程二期主要任務：長江上游、黃河上中游地區繼續停止天然林商品性采伐，東北、內蒙古等重點國有林區從一期定產的1094.1萬立方米，分3年調減到402.5萬立方米；管護森林面積17.32億畝；建設公益林1.16億畝；國有中幼林撫育2.63億畝，培育后備資源4890萬畝；繼續對國有職工社會保險、政社性支出給予補助。
二期任務合理調整：工程二期取消了已結束的種苗、科技支撐、森林防火項目，以及國有和混崗職工一次性安置項目，繼續對公益林建設（包括人工造林、封山育林、飛播造林），森林管護，職工社會保險（包括基本養老、基本醫療、失業、工傷和生育），政社性支出（文教、衛生、公檢法司、政府經費）進行補助并相應提高補助標準；增加的項目有，東北、內蒙古等重點國有林區的后續資源培育（包括人工造林和改造培育），國有中幼林撫育，天保工程區集體林中的國家級公益林補償、地方公益林的管護補助，以及支持企業分離廣播電視、城市環保、社區管理等公益事業的改革資金。
特別關注各項補助政策措施
生態修復方面
1.關于公益林建設。
長江上游、黃河上中游地區共有宜林荒山荒地、宜林沙荒地、采伐和火燒跡地、無林地合計為24242萬畝，疏林地3619萬畝。工程二期安排公益林建設11550萬畝，其中：人工造林3050萬畝，封山育林7100萬畝，飛播造林1400萬畝。在綜合各地實際造林成本、立地條件等諸多因素，最終確定了各項投入標準。
人工造林標準：工程一期單位投入標準為，長江上游地區200元/畝（中央預算內160元/畝），黃河上中游地區為300元/畝（中央預算內240元/畝）。經過工程一期建設，長江上游地區造林地有相當數量的宜林地處在高海拔、高寒、干熱干旱河谷地區，造林難度增大，單位成本增加，所以工程二期將上述兩個地區人工造林中央預算內單位投資標準統一提高到300元/畝。
封山育林標準：原工程一期單位投入標準是70元/畝（中央投入56元/畝），工程二期中央預算內單位投資標準提高到70元/畝。
飛播造林標準：工程一期單位投入標準是50元/畝（中央預算內40元），由于近幾年航空油料價格上漲較多、種子價格上漲、空地勤人員工資增加等諸多因素，工程二期確定中央預算內單位投入標準提高到120元/畝。
2.關于森林經營。
中幼林撫育標準：工程一期實施禁伐和限伐措施，有效地增加了森林植被，也使大量天然次生林林分生長過密，自然更新速度周期長，中幼齡樹生長受阻，幼樹枯損嚴重，防護效能低下；大量人工林由于初植密度過高，林分郁閉后，空間競爭激烈，因沒有及時撫育，生長被抑制，甚至造成大片林木衰退甚至死亡。因此，對國有中幼林撫育，促進林木生長，增加森林蓄積量已刻不容緩。同時，國有林區還有相當數量的職工處在待業和半待業狀態，也需要尋找穩定的就業渠道。按照最新的森林資源清查數據，工程區有中幼林面積7.29億畝（長江、黃河4.61億畝，東北內蒙古2.68億畝），工程二期按照輕重緩急的原則，優先對初植密度高、林分郁閉大、空間競爭激烈、生長被抑制的中幼林地塊進行撫育，規劃中幼林撫育任務2.63億畝，占需要撫育面積的36%。中央財政按照120元/畝的標準安排補助。通過采取人為干預的措施，提高林木生長速度，提高林分質量，加快森林向穩定群落方向演替。
后備資源培育標準：東北、內蒙古林區一直是我國重點國有林區，長期擔負著為國家提供大量生產建設用材的任務，因而被譽為國家重要的木材生產基地。經過長期過量采伐，林區森林資源狀況下降，齡組結構不合理、單位面積蓄積低、林地生產力低下、林分中目的樹種組成降低等問題突出，使得現有森林結構處于不穩定狀態，急需休養生息。為加快國有林區后備資源培育，保障我國木材戰略安全，按照因地制宜、因林施策的原則，在保護好現有森林植被的基礎上，采取人工造林和改造培育等綜合措施，加快后備資源的培育，改善林分結構，提高林地生產力，增加森林蓄積。同時結合安置國有林業職工就業，并提高現有職工的收入。根據大量實地調查數據和成本分析，工程二期安排后備資源培育任務4890萬畝，中央預算內單位投入標準為，人工造林300元/畝，森林改造培育200元/畝。
3.關于森林管護。
投入標準一是天保工程區森林管護與森林生態效益補償政策并軌，二是與集體林權制度改革相銜接，實現不同用途林種、不同林權權屬，享有不同的合理資金補助政策。工程二期共安排森林管護任務17.32億畝。在管護面積中，首次將天保工程區2.8億畝集體所有的國家級公益林，與全國森林生態效益補償標準并軌；同時，考慮到3.6億畝地方公益林生態區位的重要性以及中央財政投入的連續性，中央財政按3元/畝·年補助管護費。這樣就有效地解決了工程一期實施中，沒有對納入天保工程區管護的集體林進行補償的問題。
國有林標準：工程一期的森林管護補助標準為1.75元/畝·年（中央財政1.4元/畝·年），工程二期，中央財政按照5元/畝·年的標準安排森林管護補助費，與國有國家公益林生態補償標準一致。管護面積的核定，東北、內蒙古等重點國有林區（包括內蒙古南八局、吉林四局）、海南、新疆和新疆兵團，統一按照林地面積給予補助；長江上游、黃河上中游地區，繼續按照有林地、灌木林地和未成林造林地面積給予補助。
集體所有的國家公益林標準：中央財政安排森林生態效益補償基金10元/畝·年，標準與非天保工程區一致。面積以國家界定的區劃界定面積為準。
集體所有的地方公益林標準：按照事權劃分的原則，地方公益林主要由地方財政安排補償基金，但考慮到其生態作用重要、省區地方財政比較緊張，以及國家投入政策的連續性等，中央財政按照3元/畝·年的標準補助森林管護費。
集體林中的商品林標準：按照實行集體林權制度改革后，明晰產權、放活經營權、落實處置權、保障收益權的要求，由林農依法自主經營，中央不再安排管護補助費。