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香港高校辦學經費最充裕
這份報告對各高校在科學研究上的表現給予了更多關注。報告顯示，大陸高校整體實力雄厚，港臺高校師均表現領先。
從近5年在Nature（《自然》）和Science（《科學》）兩本國際頂尖刊物上發表的論文數來看，前三名分別是北京大學、中國科學技術大學和南京大學，前十名（11所）中大陸大學有7所；但是，師均（總量除以教師數）發表Nature和Science論文最多的是臺灣的陽明大學。
年度發表SCIE（科學引文索引擴展版）和SSCI（社會科學引文索引）論文最多的是大陸的浙江大學，前十名中大陸高校有8所；但是師均發表SCIE和SSCI論文的前十名大學中，大陸高校只有中國科學技術大學一所，排在第九位，其他9所全部是港臺高校。
香港特別行政區經濟發達，大學的辦學經費也最為充裕。辦學總經費和生均經費排名第一的都是香港大學，生均經費排名前十名的大學中香港的大學有7所，總經費排名前十的大學中香港的大學有4所。
大陸地區的清華大學和臺灣地區的臺灣大學的辦學總經費和生均辦學經費排名也比較靠前。
報告負責人程瑩博士介紹，港臺高校的科研經費中來自政府部門的比例一般都很高，如臺灣大學、成功大學、臺灣“清華大學”以及香港中文大學、香港理工大學等高校，政府科研經費的比例都在90%以上。
而大陸高校的科研經費中來自企事業單位委托的比例相對較高，特別是清華大學、浙江大學、上海交大等工科強勢的學校，政府科研經費的比例都不到2/3，而企業科研經費的比例都在30%以上。
“這一方面反映了大陸名牌大學向社會提供科研服務的意識和能力較強，但也說明他們精力較分散，可能在承擔基礎性科學研究上投入不夠。” 程瑩博士說。