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八、衛生、質檢與海關
衛生
2003年非典型性肺炎爆發，雙方在應對非典疫情中開始在衛生領域的正式合作。目前中國同東盟建立了衛生部長會議、高官會議機制，取得豐富的合作成果。
首屆中國－東盟衛生部長會議于2006年6月在緬甸仰光舉行。此次會議確定中國－東盟衛生部長會議每兩年舉辦一次，在部長會議之前舉行高官會議。中國與東盟國家也確立了衛生領域的國家聯絡人。迄今已舉行三屆中國－東盟衛生部長會議。
－－傳染病防控
2006年10月，在北京舉辦中國－東盟艾滋病實驗室網絡培訓班，為東盟培訓艾滋病實驗室網絡技術人員20人。2006年11月，在北京舉辦中國－東盟傳統醫藥防治艾滋病研討會。
2007年，衛生部在北京舉辦了中國－東盟人感染高致病性禽流感防控進展研討會。2007年10月至11月，在北京舉辦兩期人禽流感實驗室診斷技術培訓班，培訓了東盟9國共18名人禽流感實驗室診斷技術人員。
2008年6月起，東盟與中日韓傳染病信息通報網站正式開通，實現了中國與東盟國家在新發傳染病領域的疫情信息共享，促進各國傳染病控制工作更好開展。
2009年5月，東盟與中日韓應對甲型H1N1流感衛生部部長特別會議在泰國曼谷召開。在此次會議上，中方提出由中國為東盟國家培訓甲型H1N1流感病毒實驗室檢測技術，并向東盟國家提供用于科學研究的診斷參考試劑。
－－傳統醫藥合作
2008年10月，在北京舉辦中國－東盟傳統醫藥規范化實踐研討會。2010年8月，在北京舉辦中國－東盟中醫優勢與傳統醫藥發展研討會。2011年，中方組織了中醫保健東盟行活動。
－－口腔醫學合作
2008年11月，中國－東盟口腔醫學交流論壇在南寧舉辦，為中國以及東盟各國開展口腔醫學教育、學術交流、專業培訓等方面的合作搭建了平臺。
質檢
2007年10月，中國與東盟舉行了以“加強進出口食品安全管理合作，保護消費者權益”為主題的“第一屆中國－東盟質檢部長會議”，標志著中國東盟質檢部長磋商級機制正式建立。會議發表了旨在加強食品安全合作的《聯合聲明》。
根據中國－東盟《關于加強衛生與植物衛生合作的諒解備忘錄》（SPS備忘錄），以“加強動植物檢驗檢疫合作，防范外來有害生物跨境傳播”為主題的第二屆中國－東盟質檢部長會議在柬埔寨召開。
2009年，雙方簽署了中國－東盟政府間《關于加強標準、技術法規與合格評定領域合作的諒解備忘錄》（TBT備忘錄），以“產品質量和安全”為主題的第三屆中國－東盟質檢部長會議于2011年10月舉行。
中國國家質檢總局在與東盟各國進行質檢合作的同時，也積極為東盟國家開展質檢領域人力資源培訓，已完成的有關培訓項目包括：“中國－東盟出入境檢驗檢疫官員研討會”、“中國－東盟SPS合作協調員研修班”、“中國－東盟防止禽流感跨境傳播研討班”等。
海關
中國和東盟在2003年正式啟動了海關領域合作。雙方建立了定期署級磋商機制和專家級海關協調委員會磋商機制。截至2011年，中國－東盟海關署長磋商會共舉行了9次。
截至2006年1月，中國與東盟海關專家委員會磋商會共召開了6次，共提出海關合作9個優先領域。2007年，東盟專家委員會更名為東盟海關協調委員會，當年12月，中國與東盟海關協調委員會第一次磋商召開，截至2011年，共召開了6次中國與東盟海關協調委員會磋商會。
中國海關連續6年為東盟成員國海關舉辦了6期不同專題的研討會，近200名東盟海關官員參加。
中國海關計劃于2011年至2013年通過舉辦6期“加快越老柬緬國家海關改革及現代化建設”項目培訓班（2期/年），幫助四國海關加快改革及現代化發展步伐。