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第五章 激勵機制
第十七條 中央財政出資資金與地方政府資金、其他出資人共同按參股基金章程約定向參股基金管理機構支付管理費用。
管理費用由參股基金企業支付，財政部不再列支管理費用。年度管理費用一般按照參股基金注冊資本或承諾出資額的1.5—2.5%確定，具體比例在委托管理協議中明確。
第十八條 除對參股基金管理機構支付管理費外，參股基金企業還要對參股基金管理機構實施業績獎勵。業績獎勵采取 “先回本后分利”的原則，原則上將參股基金增值收益（回收資金扣減參股基金出資）的20%獎勵參股基金管理機構，剩余部分由中央財政、地方政府和其他出資人按照出資比例進行分配。
第十九條 對投資于初創期創新型企業的資金比例超過基金注冊資本或承諾出資額70%的參股基金，中央財政資金可給予更大的讓利幅度。
第六章 受托管理機構
第二十條 財政部會同國家發展改革委通過招標確定中央財政出資資金受托管理機構，并簽訂委托管理協議。
第二十一條 受托管理機構應符合以下條件：
（一）具有獨立法人資格；
（二）注冊資本不低于1億元人民幣；
（三）從事創業投資管理業務5年以上；
（四）有至少5名從事3年以上創業投資相關經歷的從業人員；
（五）有完善的創業投資管理制度；
（六）有三個以上創業投資項目運作的成功經驗；
（七）有作為出資人參與設立并管理創業投資基金的成功經驗；
（八）最近三年以上持續保持良好的財務狀況，沒有受過行政主管機關或司法機關重大處罰的不良記錄，嚴格按委托管理協議管理中央財政出資資金。
第二十二條 受托管理機構的職責主要包括：
（一）對參股基金開展盡職調查、入股談判，簽訂參股基金章程；
（二）代表中央財政出資資金以出資額為限對參股基金行使出資人權利并承擔相應義務，向參股基金派遣代表，監督參股基金投向；
（三）通過招標在財政部指定的國庫集中支付代理銀行范圍內開設托管專戶，根據參股基金章程約定，在地方政府、其他出資人按期繳付出資資金且足額到位后，將中央財政出資資金撥付參股基金賬戶；
（四）及時將中央財政出資資金的分紅、退出等資金（含本金及收益）撥入托管專戶并上繳中央國庫；
（五）定期向財政部、國家發展改革委報告參股基金運作情況，股本變化情況及其他重大情況；
（六）受托管理機構應在創業投資備案管理部門進行附帶備案。
第二十三條 財政部向受托管理機構支付日常管理費，日常管理費按年支付，當年支付上年，原則上每年按截至上年12月底已批復累計尚未回收中央財政出資額（以托管專戶撥付被投資單位的金額和日期計算）的一定比例、按照超額累退方式核定，具體比例如下：
（一）中央財政出資額在20億元（含）人民幣以下的按2%核定；
（二）中央財政出資額在20—50億元（含）人民幣之間的部分按1.5%核定；
（三）中央財政出資額超過50億元人民幣的部分按1%核定。
第七章 申報審批程序
第二十四條 各省（自治區、直轄市、計劃單列市）發展改革委、財政廳（局）根據當地情況按照本辦法規定要求，組織編制參股基金組建方案或增資方案（具體詳見附件2、附件3），聯合報送國家發展改革委、財政部審核。
第二十五條 國家發展改革委、財政部組織專家對上報方案進行評審，對通過評審的方案，委托受托管理機構對擬參股基金開展盡職調查和入股談判。
第二十六條 各省（自治區、直轄市、計劃單列市）發展改革委、財政廳（局）根據評審意見，對參股基金方案進行修改完善，待各出資人簽訂相關協議后，聯合向國家發展改革委、財政部上報正式方案，提出申請中央財政出資額度。
第二十七條 國家發展改革委、財政部參考受托管理機構盡職調查意見，正式確認參股基金方案并批復中央財政出資額度。財政部將中央財政出資資金撥付托管專戶，由受托管理機構撥付參股基金賬戶。