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第二十四條海事管理機構應當建立港口建設費統計報表制度，按月向上級海事管理機構報送，并于每月結束后的5個工作日內，抄送所在地財政部駐各省、自治區、直轄市及計劃單列市財政監察專員辦事處和同級財政部門。
第四章監督檢查與法律責任
第二十五條財政部負責對港口建設費的征收使用情況進行監督檢查。
財政部、交通運輸部、地方財政部門按照職責分工，依法對港口建設費的征收、監繳以及使用情況實施日常監督檢查，中國人民銀行分支機構按照《國家金庫條例》及其《實施細則》等規定，對商業銀行辦理港口建設費的收納、解繳入庫等業務情況實施日常監督檢查。任何單位或者個人不得拒絕、妨礙或者阻撓。有關單位或者個人應當接受依法實施的監督檢查，并為其提供方便。
海事管理機構應嚴格按照中央預算單位銀行賬戶管理等相關規定，加強賬戶和資金管理，不得坐收坐支、截留、挪用港口建設費。
第二十六條對于違反本辦法，繳費人不繳或者少繳港口建設費的，地方財政部門、海事管理機構應對相關責任單位和責任人按照《財政違法行為處罰處分條例》(國務院令第427號)及有關法律法規予以處理。
第二十七條對于違反本辦法，船舶代理公司、貨物承運人沒有足額代收、及時解繳港口建設費的，財政部和地方財政部門、海事管理機構應責令其限期改正;情節嚴重的，應采取有效措施責令船舶代理公司、貨物承運人予以追繳，并按日加收應繳未繳金額萬分之五的滯納金，隨同港口建設費按規定的比例分別上繳中央和地方國庫。
第二十八條 對于違反本辦法，海事管理機構不征、少征港口建設費，或未按規定將港口建設費收入及時足額繳入相應級次國庫的，財政部、交通運輸部應責令其限期改正，情節嚴重的，應對相關責任單位和責任人按照國務院令第427號及有關法規予以處理。
第二十九條對于違反本辦法，不使用財政部統一監制的政府性基金票據，由財政部責令其限期改正，并對相關責任單位和責任人按照國務院令第427號及有關法規予以處理。
第三十條 對于違反本辦法，有關單位截留、擠占、挪用等未按規定使用港口建設費的行為，財政部、地方財政部門按照國務院令第427號及有關法規對相關責任單位和責任人予以處理。
第五章 附則
第三十一條本辦法自2011年10月1日起施行，到2020年12月31日止。本辦法施行后，其他港口建設費的相關規定同時廢止。
第三十二條本辦法由財政部、交通運輸部負責解釋。