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五是三峽工程綜合管理能力建設。規劃提出了構建綜合監測體系、綜合信息服務平臺和綜合會商決策系統，綜合提升組織協調功能、綜合服務功能和應急管理功能。
六是三峽工程綜合效益的拓展。以洪水資源化，水庫優化調度，供水效益拓展為主攻方向，拓展防洪、發電、航運效益及生態、水資源配置等效益，拓展其在國家水安全和電網運行安全等更大范圍的戰略保障能力。
三峽后續工作規劃涉及內容多，涵蓋范圍廣，時間跨度長，涉及人口、資源、環境、經濟、社會等多個領域，必須從整體出發統籌兼顧，妥善處理好各方面的關系。一是國家扶持與自力更生的關系；二是生態環境保護與經濟發展的關系；三是移民安穩致富與改善環境、地質災害防治的關系；四是樞紐工程與庫區移民的關系；五是庫區與上游、中下游的關系；六是后續工作規劃與其他相關規劃的關系。
三峽后續工作規劃是一項在特定時期，為實現特定目標、完成特定任務的綜合規劃。規劃十分注重保持與相關規劃的銜接。在規劃層次上，首先，三峽后續工作規劃嚴格依據國家經濟社會發展有關規劃、政策法規編制；其次，銜接各部門、各行業的同位規劃不重復；第三，指導地方相關規劃，在規劃內容上，對涉及有關部門職能并已有投資渠道的項目，不重復計列投資；在時間序列上，保持與以往規劃的連續，注重與現行規劃的銜接。