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第七章許可證書的核查
第三十三條發證機構每季度應對許可證書進行清點核對，核查許可證書的種類、數量等出入庫登記與實際使用情況是否相符。
第三十四條發現許可證書有損毀、丟失、被盜等情況，發證機構應立即查找事故原因，追究相關責任，采取必要防范和整改措施，同時書面上報許可證局。
第三十五條發證機構應于每年一月底前填寫上一年度《商務部進出口許可證書使用情況登記表》（見附表四），上報許可證局。
第八章許可證書的銷毀
第三十六條對因改版而過期的空白許可證書，發證機構須在《商務部過期空白進出口許可證書封存/銷毀登記表》（見附表五）上登記，經主要領導審核無誤后封存。新版許可證書啟用當年，經報上級分管領導批準，舊版空白許可證書按保密文件銷毀規定予以銷毀，并在《商務部過期空白進出口許可證書封存/銷毀登記表》上如實登記。有關銷毀的請示批件及銷毀清單須留存備查。銷毀情況報許可證局。
第三十七條發證機構應將廢證在《商務部進出口許可證書廢證封存/銷毀登記表》（見附表六）上登記，經主要領導審核后封存。廢證保存期為兩年。
到期的許可證書廢證，經報上級分管領導批準，按保密文件銷毀規定予以銷毀，并在《商務部進出口許可證書廢證登記/銷毀登記表》上如實登記。有關廢證銷毀的請示批件及銷毀清單須留存備案。銷毀情況報許可證局。
第九章檢查與處罰
第三十八條許可證局對發證機構執行本規定的情況組織檢查，并將檢查結果納入年度考核范圍。
第三十九條檢查或抽查內容：
（一）發證機構內部許可證書管理制度制定與執行情況；
（二）許可證書的征訂、驗收情況；
（三）許可證書的保管及專庫、專柜的安全措施情況；
（四）許可證書的進、出庫臺賬登記情況；
（五）許可證書的使用率情況；
（六）過期空白許可證書和廢證的封存/銷毀登記情況；
（七）按規定在空白證書管理系統進行登記的情況。
第四十條經檢查，對未執行本規定的發證機構，視情節輕重給予提醒、警告或通報批評，并限期整改。
對不執行本規定造成許可證書丟失、被盜的發證機構，將按照《進出口商品許可證發證機構管理辦法》的有關規定進行處罰。
第十章附則
第四十一條本規定由許可證局負責解釋。
第四十二條本規定自發布之日起執行，原《進出口許可證證書管理規定》（外經貿配字〔1999〕第87號）同時廢止。