二、指導思想與總體目標
（一）指導思想。
按照國民經濟和社會發展“十二五”規劃的總體要求，以科學發展觀為指導，堅持以人為本，貫徹落實中央醫藥衛生體制改革精神，以加強政府政策引導、發揮市場機制基礎性作用、強化現代科學技術和新型管理方式應用為基本原則，以深化體制機制改革、加快轉變發展方式、形成全國統一市場為主線，充分發揮藥品流通行業在服務醫療衛生事業發展、維護人民群眾健康權益和促進經濟社會和諧發展等方面的作用。
（二）總體目標。
到2015年，全國藥品流通行業的發展適應經濟社會發展的總體目標和人民群眾不斷增長的健康需求，形成網絡布局合理，組織化程度顯著提升，流通效率不斷提高，營銷模式不斷創新，骨干企業競爭力增強，市場秩序明顯好轉，城鄉居民用藥安全便利，以及滿足公共衛生需要的藥品流通體系。
具體發展目標：形成1－3家年銷售額過千億的全國性大型醫藥商業集團，20家年銷售額過百億的區域性藥品流通企業;藥品批發百強企業年銷售額占藥品批發總額85%以上，藥品零售連鎖百強企業年銷售額占藥品零售企業銷售總額60%以上;連鎖藥店占全部零售門店的比重提高到2/3以上。縣以下基層流通網絡更加健全。骨干企業綜合實力接近國際分銷企業先進水平。
三、主要任務
（一）加強行業布局規劃，健全準入退出制度。
制定行業布局規劃。各地商務主管部門要會同相關部門，結合本地經濟社會發展水平、醫藥衛生事業發展和體制改革進展、城鄉建設規劃、人口增長與密度和年齡結構變化、藥品供應能力等實際，制訂藥品批發零售網點合理設置和布局的具體規劃，保證藥品供應。
完善準入退出機制。提高行業準入標準，將是否符合行業規劃作為行業準入的重要依據，嚴格控制藥品經營企業數量。加強日常監管和考核，建立退出制度，對違法違規和不遵守各項管理制度的企業要限期整改，嚴重的取消經營資格。
（二）調整行業結構，完善藥品流通體系。
提高行業集中度。鼓勵藥品流通企業通過收購、合并、托管、參股和控股等多種方式做強做大，實現規模化、集約化和國際化經營。推動實力強、管理規范、信譽度高的藥品流通企業跨區域發展，形成以全國性、區域性骨干企業為主體的遍及城鄉的藥品流通體系。整合現有藥品流通資源，引導一般中小藥品流通企業通過市場化途徑并入大型藥品流通企業。在兼并重組過程中要做好人員安置等工作，保證平穩過渡。
發展特色經營。支持老字號藥店在保持傳統優勢的基礎上創新發展，發揮品牌效應，拓展特色服務，增強核心競爭力。支持專業化和有特色的中小藥品流通企業做精做專，滿足多層次市場需求。引導中小藥品流通企業采用聯購分銷、共同配送等方式，降低經營成本，提高組織化程度。
完善藥品流通網絡。配合醫藥衛生體制改革和基本藥物制度實施，積極參加藥品招標采購，做好藥品配送。健全藥品供應保障體系，鼓勵建設一批全國性和區域性的藥品物流園區和配送中心，加快形成若干具有較強輻射帶動作用的藥品流通樞紐。實施“放心藥”服務體系建設工程,鼓勵大中型骨干藥品流通企業向居民社區和村鎮延伸銷售與配送網絡，實現藥品流通對基層的有效覆蓋，提高農村和偏遠地區藥品供應的安全性、便利性。建立西藥、中成藥、中藥材重點品種的市場運行信息監測、預警體系；鼓勵市場中介組織開展藥品銷售渠道、消費結構和區域分布情況等信息服務，發揮政府信息和市場機制在完善流通網絡中的引導作用。
保障藥品應急供應。建立中藥材重點品種儲備制度。按照國家應急和戰略儲備的統一規劃和部署，做好流通環節實物和資金的儲備。根據各類突發事件的特點，建立相應的應急保障機制。
（三）發展現代醫藥物流，提高藥品流通效率。
以信息化帶動現代醫藥物流發展。廣泛使用先進信息技術，運用企業資源計劃管理系統（ERP）、供應鏈管理等新型管理方法，優化業務流程，提高管理水平。發展基于信息化的新型電子支付和電子結算方式，降低交易成本。構建全國藥品市場數據、電子監管等信息平臺，引導產業發展，實現藥品從生產、流通到使用全過程的信息共享和反饋追溯機制。
用現代科技手段改造傳統的醫藥物流方式。鼓勵積極探索使用無線射頻（RFID）、全球衛星定位（GPS）、無線通訊、溫度傳感等物聯網技術，不斷提高流通效率，降低流通成本。促進使用自動分揀、冷鏈物流等先進設備，加快傳統倉儲、配送設施改造升級。完善醫療用毒性藥品、麻醉藥品、精神藥品、放射性藥品和生物制品等特殊藥品物流技術保障措施，確保質量安全。