盡管中國已經付諸了大量的努力致力于改進，但中國社會保障制度仍有如下主要問題：
覆蓋面小，保障水平低，難以適應城鄉居民日益增長的需要。在五大社會保險中，覆蓋面最大的是基本養老保險制度，但2005年參加該制度的在職職工加上機關事業單位職工還不到2億人，不足目標人群的四分之一 。
社會保障資金的統籌層次低。按照要求社會保障基金要實現省級統籌，但從目前情況看，除福建、陜西等少數省（市）實現基本養老保險省級統籌外，其余地區大都以市縣級統籌為主。統籌層次低，造成社會保險基金抗風險能力弱、基金調劑功能弱,社會保險個人帳戶轉移困難 。
基本社會保障管理體制尚未理順。直到2007年底，基本社會保障管理體制中存在著民政、衛生、社會保障部門之間政策分割、部門利益分割的矛盾和問題 ，難以應對人口老齡化、大規模人口流動、就業方式多樣化、收入分配不平衡的挑戰。
社會保障個人帳戶“空帳”問題嚴重。例如，全國城鎮企業職工養老保險實行社會統籌和個人賬戶相結合的制度模式，在基金管理模式上實行個人賬戶基金和社會統籌基金的一本賬管理。由于目前中國人口老齡化速度加快，退休人員逐年上升，導致社會統籌收不抵支，迫不得已占用個人賬戶基金，使得個人賬戶“空賬”運行問題嚴重。（摘自中國[海南]改革研究院撰寫的《中國人類發展報告》）
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