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美巴合作面臨挑戰
盡管一些國際輿論紛紛提出要繼續加強國際反恐合作，然而此次行動對巴基斯坦與美國的反恐合作，卻提出了一些質疑和挑戰。
疑問之一：本·拉登是否在巴得到支持？
在白宮5月2日舉行的吹風會上，美國總統首席反恐顧問布倫南表示，本·拉登舒適地與家人住在伊斯蘭堡以北的小城中，如果沒有支持，是“不可思議的”。他說，美正在調查巴境內對拉登藏身此處的“支持體系”，美方正就此事與巴基斯坦方面進行討論。美媒體稱美國官員相信巴情報機構內有幾個人知道拉登住在阿伯塔巴德。巴基斯坦駐美國大使表示，過去幾年巴政府不知道拉登的下落，但一些同情拉登的巴基斯坦人可能為他提供了保護。
巴總統扎爾達里在《華盛頓郵報》上刊文表示，巴基斯坦既沒有庇護本·拉登，也沒有直接參與這次行動，不過他強調巴基斯坦一直以來與美國全面合作，確保了美國最終找到本·拉登的藏身之處。
此次拉登被擊斃事件令巴基斯坦有些尷尬。對于拉登藏身之處，巴軍方如果不知情，其情報能力將受到質疑；而如果巴軍方知情，似乎就證實了美一些官員之前所說的巴軍方與一些恐怖組織有聯系的指控。不過，也有人認為，拉登選擇最靠近軍事機構的地方，也許就是考慮到最危險的地方反而最安全。
疑問之二：巴軍方在這次行動中扮演了怎樣的角色？
巴當地輿論非常關心這一問題。如果美行動事前未獲巴方允許，勢必涉及侵犯巴領空主權的問題。
布倫南表示，“美特種部隊直升機趁著夜色從阿富汗的巴格拉姆空軍基地出發，低空飛行繞過了巴軍隊的雷達監測，將拉登擊斃”。美國一位高級情報官員向記者透露，由于擊斃拉登的行動對美國至關重要，又考慮到行動人員的安全，美方沒有事先通知巴方而采取了單邊行動。直到美軍飛機及行動人員離開巴領空，美國才通報巴基斯坦政府。美國白宮新聞發言人卡尼則向記者強調，奧巴馬總統甚至在當選之前就清楚表明，如果美國得到拉登行蹤而巴基斯坦政府不肯行動的話，美國將獨自行動。
巴政府的表態是，此次行動為美單方行動，巴并未直接參與。巴的表態繞過了主權問題，而認為擊斃拉登行動符合美國之前所說的“不管在世界的哪個角落發現拉登，都要以直接行動的方式將其鏟除”的既定政策。巴《黎明報》指出，奧巴馬在演講中提到“巴基斯坦的合作幫助我們找到了本·拉登的下落”，這與巴政府淡化主權問題有異曲同工之處，暗示雙方都不愿把關系搞砸，因為阿巴地區的反恐形勢依然嚴峻。
另外，巴基斯坦淡化在此次行動中的作用，也可能是為了避免恐怖勢力向巴發動襲擊報復。巴基斯坦主要城市從2日起已經大幅提升警戒級別，美國駐巴使領館也于3日關閉。記者看到，伊斯蘭堡因進城檢查嚴厲，車輛明顯減少。
美國國務卿克林頓2日強調美巴之間繼續保持反恐合作非常重要。一些美國專家認為巴方迄今沒有指責美方在巴領土上采取空襲行動是個“積極信號”。