全區(qū)河流總體水質(zhì)狀況為優(yōu)，出入境斷面水質(zhì)優(yōu)良，部分流經(jīng)城市段河流受到不同程度污染。監(jiān)測的79條河流172個斷面中，Ⅰ-Ⅲ類優(yōu)良水質(zhì)斷面占94.76%，Ⅳ類輕度污染水質(zhì)斷面占2.91%，Ⅴ類中度污染水質(zhì)斷面占0.58%，劣Ⅴ類重度污染水質(zhì)斷面占1.75%。伊犁河、額爾齊斯河、阿克蘇河、白楊河等73條河流全河段水質(zhì)均為優(yōu)良;水磨河、克孜河、吐曼河、博爾塔拉河、喀什噶爾河等5條河流9個斷面受到不同程度的污染，其中水磨河、克孜河下游斷面為中度-重度污染，主要超標(biāo)污染物為總磷、氨氮、五日生化需氧量、化學(xué)需氧量等。與上年相比，全區(qū)監(jiān)測河流總體水質(zhì)狀況穩(wěn)定。

　 全區(qū)湖庫水質(zhì)總體是高山或上游湖庫水質(zhì)較好，下游或尾閭湖庫水質(zhì)較差。監(jiān)測的9個湖泊中，

天池、喀納斯湖、賽里木湖和艾力克湖水質(zhì)優(yōu)良;

博斯騰湖水質(zhì)為輕度污染，主要超標(biāo)污染物為化學(xué)需氧量;柴窩堡湖、烏倫古湖、艾比湖、吉利湖水質(zhì)為重度污染，主要超標(biāo)污染物為化學(xué)需氧量、總氮、氟化物、總磷等。監(jiān)測的23座水庫中，19座水庫水質(zhì)良好，4座水庫存在不同程度的污染，其中大泉溝水庫水質(zhì)為輕度污染，主要超標(biāo)污染物物為總磷;八一水庫、蘑菇湖水庫、猛進水庫等3座水庫水質(zhì)為重度污染，主要超標(biāo)污染物為總磷、氨氮、高錳酸鹽指數(shù)等。與上年相比，全區(qū)湖庫總體水質(zhì)保持穩(wěn)定。西克爾水庫總磷濃度上升，水質(zhì)由良好轉(zhuǎn)變?yōu)檩p度污染。