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下載安裝Flash播放器“獨立型環境稅方案好，還是整合現有稅收結構，將環境稅融入資源稅和消費稅當中的融入型方案好呢？需要進一步研究。”國家發改委專家表示，獨立型的好操作，但從稅制結構優化、減輕企業負擔角度，融入型方案可能更具持久性。
事實上，由于“環境”涉及多部門職能，環境稅的設置自然不能脫離部門間的協調問題。目前，該方案只是明確了財政部門、環保部門和稅務部門的職責，其他部門的角色，未能體現出來。
如方案顯示，環保部門以監測為主，履行監測、核定等職責，稅務部門負責征收，而財政部門把收取的環境稅納入財政收入體系。
“發改委氣候主管部門是與CO2排放密切相關的部門，它在碳稅中應該扮演什么角色？同樣，發改委價格主管部門之前負責核定和監管污水處理費，確定環境稅稅率時是否仍然需要價格部門的參與？”一位財稅專家表示。
該專家分析，在廢水環境稅上，作為供水行業管理部門的水利部和污水處理的監管部門的住建部，是否需要參與？具體怎么參與，都沒有體現出來。這就蘊含著部門協調的難題。例如，根據現有方案，對居民生活污水免收環境稅，那么是不是還要收污水處理費呢？
“如果說繼續收取污水處理費，就會出現居民生活污水主要由水務部門收取，而工商業污水由稅務部門收取。不同來源的污水有兩套管理機制，污水處理廠處理不同來源的污水，費用機制不一樣無疑會增加協調成本與管理成本。”業內人士指出。
環境稅正效應：需與減稅配備
作為一項重要的環境經濟政策，環境稅主要通過提高排放成本，促使企業減少排污行為。但專家們亦有憂慮，這一目標與現實操作起來的結果，可能存在差距。
“能不能更為有效地解決污染治理問題，還存在疑問。”中國農業大學法學系副教授王小龍表示。
“如果只是增加財政收入，那么我們國家的財政收入已經很高了，為什么還要征稅？”國家發改委能源研究所副所長李俊峰對記者表示，“現在的問題不是要增稅，而是如何用好已有的稅款”。
從費到稅，盡管都在約束企業行為，但“收上來的錢”的使用環節卻發生了重大調節。即排污費由環保部門來收的，專款專用，用于治理污染環境，而排污稅則是由稅務部門來收的，是納入地方財政大盤子，統籌使用，未必會直接用于環保。
同時，環境稅也面臨著與其他環境經濟政策對接的問題。王小龍認為，“對SO2和COD來說，排污稅和有償使用費不能同時存在，只能選擇收一種，否則就是重復收費。有關部門一方面在推環境稅，另一方面也想推排污權有償使用，但他們沒意識到兩者的沖突。”
“環境稅是增稅，同時國家也應調整稅制結構，在所得稅等環節減稅，這樣才能維持稅負平衡。”上海金融與法律研究院研究員傅蔚岡對本報記者表示。